Dưới thời phong kiến, bộ máy hành chính của tỉnh Bình Thuận thường không ổn định được lâu. Đạo Phan Thiết lập nhưng chẳng có văn bản nào chỉ rõ nó quản lý trên phạm vi gồm bao nhiêu thôn, xã. Chỉ biết 128 năm sau năm 1825 vào thời Minh Mạng, Đạo Phan Thiết được giảm bỏ, và ruộng đất này cho nhập vào huyện (năm 1854 vào thời Tự Đức, huyện này là huyện Tuy Lý) thuộc phủ Hàm Thuận từ khi Bình Thuận chính thức cải thành tỉnh.
Dù vậy, trải qua bao nhiêu năm, Phan Thiết vẫn được mọi người từ trong Nam ra ngoài Bắc vào đều nhắc tới là chốn thị tứ quen thuộc, sầm uất ở cuối miền Trung. Và cũng không mấy ai quên nơi đây trước kia là một nơi thường diễn ra các cuộc giao tranh ác liệt giữa các lực lượng quân Nguyễn và quân Tây Sơn kéo dài từ năm 1773 đến năm 1801. Sức người, sức của của vùng duyên hải trù phú này đã bị vơ vét, chiếm đoạt tận cùng để phục vụ cho cuộc nội chiến. Tiếp đến vào giữa thế kỷ XIX khi giặc Pháp đánh chiếm Sài Gòn - Gia Định năm 1859 thì từ đó Phan Thiết trở thành nơi lui tới, tụ họp thường xuyên của các phần tử yêu nước chống Pháp xâm lược ở Nam Bộ.
Hâu quả chiến tranh tàn phá nặng nề khiến nhà thơ Nguyễn Thông mấy mươi năm sau về sống ở Phan Thiết đã ngậm ngùi nhìn cảnh đất này bằng mấy câu thơ:
                    " Địa kinh nhưng mã nhân yên thiểu
                       Tuế khốn chinh thâu vật lực cùng"

(Tạm dịch là: Đất đai trải qua chiến tranh, người ở thưa thớt, hàng năm khổ sở về sưu thuế, của cải cùng kiệt).

Năm Minh Mạng thứ XVII năm 1836, Thị Lang Bộ Hộ là Đào Tri Phủ được cử làm việc khám đạc, lập địa bạ tỉnh Bình Thuận để chuẩn định và tiến hành đánh thuế. Trong số trên 307 xã, thôn thuộc hai phủ, bốn huyện và mười lăm tổng của tỉnh Bình Thuận, đo đạc xong ước tính có khoảng chín địa điểm năm trong khu vực được coi là vùng Phan Thiết thuộc tổng Đức Thắng. Bên hữu ngạn sông, đó là các xã Đức Thắng, Nhuận Đức, Lạc Đạo và các thôn Thành Đức, Tú Long. Bên tả ngạn là xã Trinh Tường và các thôn Long Khê, Long Bình, Minh Long.
Qua nhiều lần thay đổi các đơn vị hành chính, một số thôn nhỏ sáp nhập thành làng lớn, có những địa danh cũ biến mất hẳn, không tiện tra cứu sau này, như Minh Long, Long Bình (thuộc địa phận Bình Hưng hiện nay) hay Long Khê (thuộc địa phận Phú Trinh). Một số thôn, xã khác cùng Tổng Đức Thắng nh Phú Tài, Phú Hội, Xuân Phong, Đại Nẫm thì được xem là ngoại vi của Phan Thiết. Vào thời đó, một số địa danh quen thuộc ở khu vực Phố Hài như Tân Phú, An Hải, An Hoà, Tú Lâm, Sơn Thủy, Thiện Chính, Ngọc Lâm... thì thuộc về Tổng Hoa An (sau đổi lại là Lại An) của huyện Tuy Định. Xa hơn nữa về phía Đông Phan Thiết, một số thôn xã dọc bờ biển như Khánh Thiện, Thạch Long, Long Sơn (nay thuộc khu vực Rạng - Mũi Né) lại thuộc một Tổng khác, Tổng Vĩnh An của huyện Hoà Đa.

Cuối thế kỷ XVIII, một cây cầu gỗ dài 41 trượng (khoảng 164 mét) bắc qua sông Phan Thiết, cách biển trên một dặm (khoảng nửa kilômét), nối liền con đường cái quan. Cầu có tên Thắng Kiều do một trăm dân đinh ở xã Đức Thắng được tha bắt lính và đóng thuế để dựng nên. Từ năm 1809 vào thời Gia Long, đường cái quan được tu bổ, mở rộng có quân xá và trạm dịch chuyển công văn từ trong ra ngoài. Đoạn ngang qua đồng bằng Phan Thiết rộng tới 40 - 50 kilômét với gần 6 kilômét qua toàn ruộng muối đến Phố Hài, là khu vực sầm uất nằm giữa hai trạm Thuận Lý và Thuận Phan. Phía tả ngạn sông lúc đó có phủ trị Hàm Thuận đóng, hai bờ sông đều nhóm họp chợ sớm chiều. Nhìn đâu đâu cũng người qua kẻ lại dập dìu, trên bờ cửa nhà chen chúc còn dưới bến thì tấp nập ghe thuyền. Đi xa trên 15 kilômét nữa, gặp trạm Thuận Tỉnh (nằm trong khu vực Rạng - Mũi Né) đóng giữa một làng đánh cá trù phú có tới 400 nóc nhà ngói.
Bằng đường biển, người ta đã dùng mấy chục chiếc ghe bầu chuyên chở nhiều sản phẩm hàng hoá của ruộng đồng, rừng núi, sông biển Bình Thuận vào Sài Gòn - Gia Định và đến tận Singgapore buôn bán. Đó là muối, cá mặn, nước mắm, bông vải, đậu phộng, heo sống, da thú các loại... và các thứ quý hiếm như ngà voi, sừng tê giác, trầm hương... Kết hợp những chuyến hàng bán ra nước ngoài, ghe thuyền trở về không quên mua sắm các món vũ khí, súng đạn để phòng thủ đất nước chống ngoại xâm, nhất là khi giặc Pháp rục rịch xuất hiện. Cho nên không phải ngẫu nhiên vào thời kỳ đó, đã có nhận định rằng Phan Thiết và Phố Hài là hai cửa khẩu quan trọng bậc nhất trên tuyến từ Nam Định vào Sài Gòn.
Tuy vậy, mài đến gần cuối thế kỷ XIX, Phan Thiết vẫn chưa được công nhận chính thức là một đơn vị hành chính của tỉnh Bình Thuận. Có lẽ sẽ lợi nhiều hơn cho việc hình thành và phát triển của Phan Thiết nếu ngay từ năm 1835, vua Minh Mạng chịu chấp nhận đề nghị của tuần vũ Dương Văn Phong cho chuyển tỉnh thành Bình Thuận lập từ thời Gia Long ở gần Phan Rí (huyện Hoà Đa) về đóng ở địa phận Phú Tài - Đại Nẫm, huyện Hàm Thuận. Phải đợi đến hơn 60 năm sau, tức là vào năm Thành Thái thứ muời (năm 1898), tỉnh lỵ Bình Thuận mới đổi chỗ, đặt tại làng Phú Tài ở ngoại vi Phan Thiết. Phan Thiết từ lâu vốn được dư luận xa gần coi là một châu thành, thì nay mới chính thức đặt thành thị xã (centre urban), tỉnh lỵ của Bình Thuận sau khi có đạo dụ của vua Thành Thái ra ngày 20-10-1898 (cùng một ngày thành lập các thị xã Thanh Hoá, Vinh, Huế, Hội An, Quy Nhơn). Bộ máy thống trị của Pháp ở Bình Thuận do một tên công sứ (résident) đứng đầu cùng cơ quan làm việc - gọi tắt là "toà sứ" - đặt thường trực tại Phan Thiết. Công việc đầu tiên mà bọn cầm quyền Pháp phải làm là sắp xếp lại thị xã Phan Thiết. Vì bước sang đầu thế k XX - mãi đến năm 1905 - thị xã này vẫn chưa xác định rõ ranh giới.